然而，另一方面，在制度剩余的同时，对大学自主性的制度保障又存在着许多“真空”地带，具体体现在两个方面：其一，在大学内部缺乏一种保障大学自主性的制度基础。在国外大学，为了保障大学自主性，一般大学都有教授治校的民主管理的大学自主性保障组织——大学评议会或教授会制度。中国历史上曾经在蔡元培掌管北大，梅贻琦掌管清华和西南联大时期倡导并推行过的教授治校的教授会制度，并发挥了重要的作用。但是这一制度已经成为历史，目前中国有部分大学如北大、东北师范大学等在试行这种制度，由于观念和认识的问题，还没有在其他大学广泛推广开来，大学自主性在制度基础上还有大量的工作需要做。其二，教授治校的制度要纳入法制化进程恐怕还有相当长的路需要走，在这个过程中，大学自主性的制度基础可能会缺场一段时间。其三，与大学自主性紧密相关的民主传统、政治文明、公民社会环境比较欠缺。中国有几千年封建专制的文化传统，虽然经过几十年的民主集中制原则的抗衡，但是余灰难净，成为大学自主性发展的藩篱；中国政治文明虽然已经起步，但是任重道远。
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